Tout d'abord il faut se rendre dans la partie bin de votre ordinateur.

cd usr/local/bin

Créer un fichier phpstorm.

vim phpstorm

Ensuite ajouter les deux lignes dans le fichier créé.

#!/bin/sh

open -na "PhpStorm.app" --args "$@"

On autorise enfin l'exécution du script 

chmod +x phpstorm

Et il vous suffit maintenant d'aller dans le dossier où se trouve un projet et lancer 

phpstorm nomDuDossier

Votre fenêtre phpstorm s'ouvre avec votre projet !